მაგნიტო თერაპიის ძირითადი პრინციპია ელექტრომაგნიტური იმპულსების წარმოქმნა. წარმოქმნილი იმპულსები აღწევს ქსოვილებში, რომელიც მაგნიტური ველის საშუალებით აყუჩებს ტკივილს და ხელს უწყობს ანთებითი პროცესების ალაგებას. მაგნიტური ველი დადებით გავლენას ახდენს ანტიოქსიდანტურ-ფერმენტულ სისტემებზე, რომლებსაც შეუძლიათ გამოიწვიოს კომპლექსური ცვლილებები ორგანიზმში: ვაზოდილატაცია, კუნთოვანი სპაზმის მოდუნება, ანალგეზია, ანთების საწინააღმდეგო და ნერვულ სისტემის დამამშვიდებელი ეფექტი.